Ve vnitrozemí převládá podnebí kontinentální s velkými výkyvy teplot. Velký podíl na tom také má Sahara která se rozprostírá přes 95% území. Egypská vláda má nyní program, ve kterém se snaží o zpětné zavlažení a zúrodnění již několik desítek a možná i stovek let vyprahlou poušť. Na severním pobřeží je podnebí subtropické. Jediným stálým tokem je Nil, podél něhož roste subtropické rostlinstvo. Oblast kolem Nilu je téměř jediná (vyjma oáz), která je nyní obydlena a obhospodařovávána.
Egyptské klima je suché a horké téměř po celý rok. Výjimkou jsou měsíce prosinec, leden a únor. To může být na severu Egypta poměrně chladno a větrno, hlavně v noci.